國立國際研究中心醫院成立于1993年，歸日本厚生勞動省所管轄的國立研究開發法人，由當時的國立醫院醫療中心和國立療養所中野醫院合并而成。這是日本開設的第四個國際性機構，以研究治療艾滋病而知名。研究中心以肝炎、艾滋病等易傳染疾病的研究治療，并與國際上相關組織溝通疾病的信息為主，是國立高度專門醫療研究中心。醫院針對骨質疏松癥、腫瘤性骨病變采取的經皮椎體形成術在日本屬于非常先進的醫療技術。

醫院前身是1871年設立的一家陸軍醫院，后來改名為東京第一醫院，在1954年就已經開始開設體檢項目，是日本率先開設綜合體檢的醫院。在國立國際醫療中心成立后，改名為國立國際醫療研究中心醫院。現為一家特定功能醫院，相當于國內的三甲醫院，且積極接收海外患者。